內地與香港有簽署《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》，該協定旨在避免在同一項所得上的雙重征稅，并防止在中國內地和香港之間的所得轉移和稅務逃避。

香港公司與內地公司的服務合同，具體要區分技術服務及特許權使用。香港公司在提供服務過程中使用了某些專門知識和技術，但并不轉讓或許可這些技術，則此類服務屬于技術服務范圍。但如果香港公司提供服務形成的成果屬于稅收協定特許權使用費定義范圍，并且香港公司仍保有該項成果的所有權，內地公司對此成果僅有使用權，則此類服務產生的所得，適用稅收協定下特許權使用費的規定。

對外支付服務費（判定為境外服務的）

根據《財政部、國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）規定，除財政部和國家稅務總局另有規定外，境外單位或者個人在境內發生應稅行為，在境內未設有經營機構的，以購買方為增值稅扣繳義務人，不征繳所得稅。

根據實操經驗，內地公司需在當地稅局為香港公司代扣代繳增值稅及其他附加稅，稅種包括：增值稅、教育費附加、地方教育附加、城市維護建設費等。

另外，依據國家稅務局及國家外管局公告2013年第40號第一條，境內機構和個人向境外單筆支付等值5萬美元以上（不含5萬）匯出資金的，還需在當地備案。

完成對外支付后，香港公司需要按照本地收入確認銷售收入，繳付香港利得稅等。

對外支付服務費（判定為境內服務）

如果對于合同內容約定不合理，例如：服務的發生地、服務時間及服務內容合理性等，服務項目將會被稅局判定為境內勞務服務，需按照內地增值稅及所得稅率進行扣繳。

對外支付特許權使用費（非常設機構）

根據《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》規定，如果香港公司在內地不符合“常設機構”判定的，內地公司為香港公司代扣代繳所得稅率為7%。

完成對外支付后，香港公司需要按照本地收入確認銷售收入，繳付香港利得稅等。

對外支付特許權使用費（判定為常設機構）

按照《企業所得稅法》規定，非居民企業在中國境內設立機構、場所的，應當就其所設機構、場所取得的來源于中國境內的所得，以及發生在中國境外但與其所設機構、場所有實際聯系的所得，繳納企業所得稅，所得稅稅率為25%。

因此，香港公司收取境內公司支付費用的時候首先需要提前做好整體費用結構及費用規劃，保障費用占比的合理性和合規性。

其次，還需對于服務合同內容進行約定，尤其是一些稅局審核的關鍵點和敏感點，例如：服務地點和內容匹配合理以及構成“常設機構"等內容，一定要依據服務發生的實際情況進行擬定。

最后，每年還需持續關注國家財政局及稅務總局對于對外技術服務費及特許權使用費的相關更新政策，以便后續簽訂服務合同的及時調整及合規。