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根據新政策，稅務部門不再按外國企業（包括港澳臺企業）的經營性質分別規定不同的征稅方式，而是根據外國企業（包括港澳臺企業）代表處的財務核算水平規定不同的征稅方法。
過去，對于代表機構的征稅方法采取的是按不同經營性質分別規定不同的征稅方法。即對從事商務、法律、稅務、會計、審計等各類咨詢服務性的代表機構，要求必須建立健全會計賬簿，正確計算收入和應納稅所得額，據實申報納稅；對從事各項代理、貿易等各類服務性代表機構，統一采取按經費支出換算收入的辦法確定收入，并據以征稅；對除上述兩類以外從事應稅業務的代表機構，要求其根據從事經營活動實際取得的業務收入按期向當地主管稅務機關申報納稅；凡當年度內沒有取得業務收入的，要求其在年度終了后的1個月內，申報年度經營情況。
新政策改變了上述規定，明確稅務部門應根據代表機構的財務核算水平采取不同的征稅方法。即要求所有代表機構都應當力爭做到財務核算健全，準確核算收入和所得，據實進行納稅申報；對于對賬簿不健全，不能準確核算收入或成本費用據實申報的代表機構，稅務機關有權按經費支出換算收入的方式或按收入總額核定應納稅所得額的方式，并據以征稅。無論實行的是按經費支出換算收入還是按收入總額核定應納稅所得額方式，其中的核定利潤率應不低于15%，而以前是10%。具體來說，從事承包工程作業、設計和咨詢勞務的核定利潤率為15%~30%，從事管理服務的核定利潤率為30%~50%，從事其他勞務或勞務以外經營活動的核定利潤率不低于15%。
采取核定征收方式的代表機構，如能建立健全會計賬簿，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，報主管稅務機關備案，可申請調整為據實申報方式。由于核定的利潤率提高，新政策會對部分代表機構的稅負產生一定影響。對代表機構而言，如果實際利潤水平與核定利潤率差距較大，可以考慮建立健全會計核算，爭取實行據實征收；如果還有差距，則可以考慮將代表處轉型升級為外商投資企業。
特別需要指出的是，鑒于外企代表處與其境外總公司之間存在關聯關系，代表機構無論是財務核算健全實行據實申報的，還是財務核算不健全實行按經費支出換算收入或按收入總額核定應納稅所得額方式申報的，均應嚴格執行獨立交易原則，根據代表機構實際履行的功能和承擔的風險準確核算應歸屬于自身的收入、成本、費用、經費支出額以及應納稅所得額。否則，稅務機關將有權根據相關規定進行特別納稅調整。
外企代表處免稅管理更加嚴格
新政策明確廢止了過去一些文件中關于代表機構免稅或不予征稅的規定，并規定各地稅務機關不再受理審批代表處企業所得稅 免稅申請，還要求對過去已核準免稅的代表處進行清理。也就是對于國稅發〔2010〕18號文件發布之前已經核準免稅的代表處，應該重新評估其是否仍然符合稅收協定中規定的免稅條件。如果符合，則應盡早到稅務機關遞交免稅申請。否則，代表處需按照實際利潤據實申報或者按照核定征收辦法申報繳納企業所得稅。
這并不表明新政策取消了所有外企代表處的免稅待遇，而是進一步規范了代表處的減免稅管理。因為新政策還明確規定，代表處需要享受稅收協定待遇的，應依照相關稅收協定進行辦理，在發生納稅義務之前或者申報相關納稅義務時，按有關規定向主管稅務機關備案。
過去，對于代表機構的征稅方法采取的是按不同經營性質分別規定不同的征稅方法。即對從事商務、法律、稅務、會計、審計等各類咨詢服務性的代表機構，要求必須建立健全會計賬簿，正確計算收入和應納稅所得額，據實申報納稅；對從事各項代理、貿易等各類服務性代表機構，統一采取按經費支出換算收入的辦法確定收入，并據以征稅；對除上述兩類以外從事應稅業務的代表機構，要求其根據從事經營活動實際取得的業務收入按期向當地主管稅務機關申報納稅；凡當年度內沒有取得業務收入的，要求其在年度終了后的1個月內，申報年度經營情況。
新政策改變了上述規定，明確稅務部門應根據代表機構的財務核算水平采取不同的征稅方法。即要求所有代表機構都應當力爭做到財務核算健全，準確核算收入和所得，據實進行納稅申報；對于對賬簿不健全，不能準確核算收入或成本費用據實申報的代表機構，稅務機關有權按經費支出換算收入的方式或按收入總額核定應納稅所得額的方式，并據以征稅。無論實行的是按經費支出換算收入還是按收入總額核定應納稅所得額方式，其中的核定利潤率應不低于15%，而以前是10%。具體來說，從事承包工程作業、設計和咨詢勞務的核定利潤率為15%~30%，從事管理服務的核定利潤率為30%~50%，從事其他勞務或勞務以外經營活動的核定利潤率不低于15%。
采取核定征收方式的代表機構，如能建立健全會計賬簿，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，報主管稅務機關備案，可申請調整為據實申報方式。由于核定的利潤率提高，新政策會對部分代表機構的稅負產生一定影響。對代表機構而言，如果實際利潤水平與核定利潤率差距較大，可以考慮建立健全會計核算，爭取實行據實征收；如果還有差距，則可以考慮將代表處轉型升級為外商投資企業。
特別需要指出的是，鑒于外企代表處與其境外總公司之間存在關聯關系，代表機構無論是財務核算健全實行據實申報的，還是財務核算不健全實行按經費支出換算收入或按收入總額核定應納稅所得額方式申報的，均應嚴格執行獨立交易原則，根據代表機構實際履行的功能和承擔的風險準確核算應歸屬于自身的收入、成本、費用、經費支出額以及應納稅所得額。否則，稅務機關將有權根據相關規定進行特別納稅調整。
外企代表處免稅管理更加嚴格
新政策明確廢止了過去一些文件中關于代表機構免稅或不予征稅的規定，并規定各地稅務機關不再受理審批代表處企業所得稅 免稅申請，還要求對過去已核準免稅的代表處進行清理。也就是對于國稅發〔2010〕18號文件發布之前已經核準免稅的代表處，應該重新評估其是否仍然符合稅收協定中規定的免稅條件。如果符合，則應盡早到稅務機關遞交免稅申請。否則，代表處需按照實際利潤據實申報或者按照核定征收辦法申報繳納企業所得稅。
這并不表明新政策取消了所有外企代表處的免稅待遇，而是進一步規范了代表處的減免稅管理。因為新政策還明確規定，代表處需要享受稅收協定待遇的，應依照相關稅收協定進行辦理，在發生納稅義務之前或者申報相關納稅義務時，按有關規定向主管稅務機關備案。
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在中國境內的外國企業（包括港澳臺企業）及其他組織的常駐代表機構（以下簡稱代表機構）應當按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置賬薄，根據合法、有效憑證記賬，進行核算，并應按照實際履行的功能和承擔的風險相配比的原則，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，在季度終了之日起15日內向主管稅務機關據實申報繳納企業所得稅、營業稅，并按照《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其實施細則規定的納稅期限，向主管稅務機關據實申報繳納增值稅。
對賬簿不健全，不能準確核算收入或成本費用，以及無法按照本辦法第六條規定據實申報的代表機構，稅務機關有權采取以下兩種方式核定其應納稅所得額：
按經費支出換算收入：適用于能夠準確反映經費支出但不能準確反映收入或成本費用的代表機構。
1.計算公式：
收入額=本期經費支出額/（1—核定利潤率—營業稅稅率）；
應納企業所得稅額=收入額×核定利潤率×企業所得稅稅率。
2.代表機構的經費支出額包括：在中國境內、外支付給工作人員的工資薪金、獎金、津貼、福利費、物品采購費（包括汽車、辦公設備等固定資產）、通訊費、差旅費、房租、設備租賃費、交通費、交際費、其他費用等。
（1）購置固定資產所發生的支出，以及代表機構設立時或者搬遷等原因所發生的裝修費支出，應在發生時一次性作為經費支出額換算收入計稅。
（2）利息收入不得沖抵經費支出額；發生的交際應酬費，以實際發生數額計入經費支出額。
（3）以貨幣形式用于我國境內的公益、救濟性質的捐贈、滯納金、罰款，以及為其總機構墊付的不屬于其自身業務活動所發生的費用，不應作為代表機構的經費支出額；
（4）其他費用包括：為總機構從中國境內購買樣品所支付的樣品費和運輸費用；國外樣品運往中國發生的中國境內的倉儲費用、報關費用；總機構人員來華訪問聘用翻譯的費用；總機構為中國某個項目投標由代表機構支付的購買標書的費用，等等。
按收入總額核定應納稅所得額：適用于可以準確反映收入但不能準確反映成本費用的代表機構。計算公式：
應納企業所得稅額=收入總額×核定利潤率×企業所得稅稅率。
代表機構的核定利潤率不應低于15%。采取核定征收方式的代表機構，如能建立健全會計賬簿，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，報主管稅務機關備案，可調整為據實申報方式。
代表機構發生增值稅、營業稅應稅行為，應按照增值稅和營業稅的相關法規計算繳納應納稅款。
對賬簿不健全，不能準確核算收入或成本費用，以及無法按照本辦法第六條規定據實申報的代表機構，稅務機關有權采取以下兩種方式核定其應納稅所得額：
按經費支出換算收入：適用于能夠準確反映經費支出但不能準確反映收入或成本費用的代表機構。
1.計算公式：
收入額=本期經費支出額/（1—核定利潤率—營業稅稅率）；
應納企業所得稅額=收入額×核定利潤率×企業所得稅稅率。
2.代表機構的經費支出額包括：在中國境內、外支付給工作人員的工資薪金、獎金、津貼、福利費、物品采購費（包括汽車、辦公設備等固定資產）、通訊費、差旅費、房租、設備租賃費、交通費、交際費、其他費用等。
（1）購置固定資產所發生的支出，以及代表機構設立時或者搬遷等原因所發生的裝修費支出，應在發生時一次性作為經費支出額換算收入計稅。
（2）利息收入不得沖抵經費支出額；發生的交際應酬費，以實際發生數額計入經費支出額。
（3）以貨幣形式用于我國境內的公益、救濟性質的捐贈、滯納金、罰款，以及為其總機構墊付的不屬于其自身業務活動所發生的費用，不應作為代表機構的經費支出額；
（4）其他費用包括：為總機構從中國境內購買樣品所支付的樣品費和運輸費用；國外樣品運往中國發生的中國境內的倉儲費用、報關費用；總機構人員來華訪問聘用翻譯的費用；總機構為中國某個項目投標由代表機構支付的購買標書的費用，等等。
按收入總額核定應納稅所得額：適用于可以準確反映收入但不能準確反映成本費用的代表機構。計算公式：
應納企業所得稅額=收入總額×核定利潤率×企業所得稅稅率。
代表機構的核定利潤率不應低于15%。采取核定征收方式的代表機構，如能建立健全會計賬簿，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，報主管稅務機關備案，可調整為據實申報方式。
代表機構發生增值稅、營業稅應稅行為，應按照增值稅和營業稅的相關法規計算繳納應納稅款。