日本公司注冊時，株式會社和合同會社是兩種主要的公司類型，它們在法律結構、注冊資本、股東責任、以及未來發展前景上存在一些關鍵區別：

法律結構與責任承擔：

株式會社：類似于國內的股份有限公司，資本分成等額股份，通過發行股票籌集資金。股東以其所持股份為限對公司承擔責任，公司以其全部資產對公司債務承擔責任。這表示所有權與管理權可以分離，適合大型企業或有股權融資需求的公司。

合同會社：類似于國內的有限責任公司，由全體股東共同出資設立，每個股東以其出資額為限對公司承擔責任。公司以其全部資產對公司債務承擔責任。這表示所有權與管理權通常相同，適合小型或個體化的創業公司。

注冊資本與申請流程：

株式會社：注冊費用較高，申請周期較長，需要有公司章程。雖然注冊地址必須是實際辦公地點，但公司名稱可以包含中、日、英文，并且資本金至少為500萬日元，如果不滿1000萬日元，前兩年可免消費稅。注冊步驟包括確認地址、名稱、經營范圍、注冊資本、股東和董事名單，準備資料，驗資，提交申請等。

合同會社：注冊費用較低，操作簡單，沒有公司章程，適合追求低成本的創業。注冊資本可以是任意金額，包括1日元，但通常需要一名日本長期居住的董事。注冊時不需要提交事務所租借契約書，可以使用住宅作為注冊地址，但需物業同意。

未來發展與社會信用：

株式會社：更適合未來有在日本擴大業務、引入新股東或上市計劃的公司，因其股權結構更靈活，便于資本運作和融資。

合同會社：雖然適合初期創業者和海外人士，但社會信用度相對較低，可能在與當地公司合作時遇到信任問題。不過，對于簡單的業務或個人持有，它是成本效益較高的選擇。

注冊后的運營：

株式會社：享有更高的社會信用，便于拓展業務和談判合作伙伴，適合長期發展的公司。

合同會社：運營成本低，適合不需要高度社會信用且業務相對簡單的公司，但長期發展可能受限于沒有明確的公司章程和合伙制的限制。

綜上所述，選擇株式會社還是合同會社取決于公司的長期目標、資金需求、以及對社會信用的考慮。