日本的有限公司和株式會社在結構和法律特性上存在顯著差異，主要體現在公司的責任形式、股權結構、設立流程、透明度以及可擴展性等方面。

株式會社（株式會社）類似于中國的股份有限公司，其特點包括：

有限責任：股東以其出資額為限對公司承擔責任。

股份化：公司可以發行股票，允許股東人數無上限，并且股票可以自由轉讓。

公司治理：需要設立股東大會（株主總會），董事會和監事會，實現所有權與管理權的分離。

法律要求：設立時需要通過更嚴格的審核，流程較長，成本較高，通常在3-4周，費用約為20萬日元。

信息披露：每年必須公布決算報告。

行政許可：可以申請幾乎所有行政許可。

未來發展：未來可能發行股票上市，擴展公司規模。

合同會社（合同會社）則類似于中國的有限責任公司，其特點包括：

有限責任：股東也僅以其出資額為限對公司承擔責任。

靈活性：設立流程簡便，通常在1-2周完成，設立費用低，僅為6萬日元。

內部規則：日常運營規則由出資人自行約定，無需遵循嚴格的公司法規定。

透明度：不需要公布年度決算報告。

經營與出資結合：出資人即為經營者，責任與經營直接捆綁。

行政許可限制：部分行政許可可能不向合同會社開放。

利潤分配：利潤分配更加靈活，不嚴格按出資比例進行。

不可上市：合同會社不能發行股票，無法上市交易。

因此，株式會社在國際認可度、公司治理規范性、以及未來發展潛力方面具有優勢，而合同會社則在設立簡便性、運營靈活性和成本控制上更為適合。選擇哪種公司形式取決于具體業務需求、規模預期和市場定位。