1. 長虧不倒：香港是針對利潤征稅，賬做平或者做虧就沒有利潤，也就不交稅，報稅零申報；一般來說，稅務局對連年虧損的公司都會較為謹慎
2. 關聯交易：稅務局在審核納稅人的報稅表時，必然會復核其關聯交易是否符合商業現實原則。比如咨詢服務類費用金額很大，支付給公司關聯人員或其他關聯公司，那就很容易引起懷疑
3. 不穩定的毛利率或純利率：稅務局每年均會就所收到的報稅資料整理成各個行業的毛利率、純利率表示其他財務數據庫，作分析及比較之用。一家公司的毛利率或純利率如較稅務局的內部數據大幅偏低，定然會引起稅務局的注意。但有時候一家公司的毛利率或純利率無故忽高忽低，亦會惹來稅務局的懷疑，質疑公司的入賬方式是否每年一致、賬目是否真確、有否藉不同的入賬方式以操縱其利潤等。
4. 營業額、利潤情況與行業現狀不符：在復核損益帳時，稅務局會根據內部信息評估納稅人的行業前景，從而估量納稅人所申報的利潤額是否合理。如稅務局認為公司從事的行業日益蓬勃，但公司的營業額卻連續暴跌，便會懷疑公司是否將部份利潤轉移或漏報，引發稅務局向該公司展開調查，更甚者，稅務局的調查對象將蔓延至其他關聯公司，以了解整個集團的利潤分配。
5. 海外顧問費/傭金：很多時候，有關顧問服務都在香港以外地區提供，而這些海外收款人大多無須繳納香港稅款，因此無論這些費用是否支付予關聯公司，稅務局都必然會加倍注意香港公司在賬目內所申索扣除的費用是否真確、合理及符合商業原則。
6. 公司持有的固定資產：固定資產一般是公司所擁有的物業、機器、車輛及在子公司或關聯公司的投資等。如稅務局發現公司在短期內大規模添置資產或向關聯公司作出大額注資，而公司在過往年度所申報的利潤水平或向第三者的借貸并不足以支付其所投入的資金，而投資金額主要是來自董事或股東往來帳的貸方金額的提高，除非董事或股東的投金來源有明顯合理出處，稅務局便有可能懷疑董事或股東隱瞞了其他收入來源，或該公司短報其收入。
7. 公司流動資產及董事、股東往來帳：流動資產包括公司的存貨、現金及銀行存款等。一般而言，如公司的銷售額或購貨水平每年相若，公司的存貨量應不會有大幅度的變動。在銷售額無甚提升的情況下，如存貨量連年增加，加上公司的現金或銀行存款水平及董事往來帳的貸方金額突然提高，稅務局便會質疑納稅人是否已將存貨出售，但卻沒有將有關銷售額計入銷售帳。反過來說，存貨量無故驟降亦會令稅務局懷疑納稅人有否透過利用減低存貨成本的入賬方式來提高銷貨成本，從而減低公司的利潤。